企业在选择质量管理体系时面临的常见挑战包括：
选择必要的基本设计，从而正确应对整个质量管理体系的挑战
使质量管理体系保持精益、简单、敏捷，使适当的信息在合适的时机传递给适当的员工
确保质量管理体系完全符合监管要求，并减少不合规问题
在选择应用程序时，企业首先需要形成与质量管理体系战略相关的长期愿景。在短期内，节点级应用似乎往往是最可行的，是最具有成本效益的选择；然而，对质量有长远目标的组织需要确保该解决方案能够进行演变，以满足组织成长后的需求。
随着时间推移，企业通常投资于多个节点级应用；然而，相关的成本（维护与支持、培训、授权等）往往受定制化需求的影响而超出预期。最终，组织转而使用整个企业级别的应用，在节点级解决方案上投入的时间、精力和资金就付之东流了。
在选择应用的类型时，组织应权衡以下参数：
功能
行业契合度
能够与组织的内部系统，以及组织的客户、合作伙伴和供应商的内部系统集成
可扩展性和灵活性
软件定价/授权模式
卖方跨地域提供服务和支持的能力
易于使用
