腐乳作为一种大豆发酵制品，不仅具有大豆本身含有的多种生理活性物质，而且由于微生物的发酵作用，产生了一些大豆没有的生理活性物质，提升了一些生理活性物质的保健功效，使得腐乳更具有营养和保健功能。
据权威机构提供的检测数据表明，由于微生物的作用，腐乳中产生的核黄素含量比豆腐高6至7倍，在一般食品中仅次于乳品的核黄素含量。核黄素是细胞内脱氢酶的主要成分，它能促进正常生长和维持健康，缺乏时就会有口角溃疡、唇炎、舌炎、角膜炎、肾囊炎等症状。每100克腐乳中，维生素 B1的含量约为 0.04至0.09mg，维生素B2的含量约为130至360μg。腐乳中还含有维生素B12，红腐乳维生素B12的含量为0.42至0.78mg／100g，青腐乳中维生素B12的含量高达9.8至18.8mg／100g，仅次于动物肝脏的维生素B12的含量。维生素B12在促进人体的造血、预防恶性贫血和营养神经等方面具有重要作用。此外，腐乳中还含有丰富的矿物质，其中钙、铁、锌、硒、镁的含量均高于一般食品。
范志红分析说，豆腐中的各种营养成分，在制作腐乳的过程中几乎没有什么损失，反而有所增加。例如，蛋白质变成了更容易消化的多肽和氨基酸，味道也更鲜美。这些肽当中，还包括一些有利于控制血压的活性肽，可以抑制血管紧张素转换酶 （ACE）I的活性，有利于控制血压。与此同时，矿物质会更好地吸收，钙、镁、铁等矿物质不仅没有减少，生物利用率还会上升。因为大豆当中原来含有很多植酸，非常妨碍矿物质吸收，但发酵时霉菌已经把它消灭了。那些妨碍蛋白质消化的成分，也会被霉菌清除。发酵还会产生相当多的B族维生素，弥补了豆腐维生素含量低的不足。
豆腐中含有大豆异黄酮，这种保健成分在腐乳发酵过程中反而会变得功效更强。因为原来大豆中的异黄酮是和糖结合的糖苷形式，生物利用率低一些；发酵之后变成游离形式，更便于在人体中发挥作用。科学实验证明，大豆经发酵后异黄酮苷原含量比豆腐、豆粉等更容易消化吸收，具有良好的溶解性、低粘度、抗凝胶形成性，以及低抗原性，不会产生过敏反应；能增强体能和促进肌红细胞复原，有效消除疲劳；促进脂肪分解，降低胆固醇的含量，降血压及抗氧化性等功能。此外，红腐乳是用红曲色素染成的，这是红曲菌产生的天然色素，对人体十分安全，还有一定的保健作用。
