天然色素的化学性质并不稳定，会因为加热或氧化等原因发生降解。
花青素是最不稳定的一类色素，它在加热时间长的情况下会逐渐褪色。温度越高、时间越长，颜色越难保存。所以，至今还没什么办法让草莓、樱桃、桑葚、杨梅等食物在煮后还保持美丽的颜色。连褪色带溶出，很快水果本身的颜色就变得惨不忍睹了。所以，无论你在哪个国家，生日蛋糕上看到的红艳欲滴的罐头樱桃，其实都是染出来的。
看似比较稳定老实的胡萝卜素和番茄红素，其实也一样会褪色。如果你把干燥的番茄粉、拌了胡萝卜汁的蔬菜面条等产品放在超市里，就会发现，几个月之后，它们的颜色越来越浅，最终完全褪色。
因为这些色素含有很多不饱和键，氧气是不会放过它们的。当然，如果能避光、低温隔绝氧气保存，颜色会稍微存得久一点。
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