巴氏奶和常温奶都是很好的食物，其营养差异很有限，甚至可以忽略不计。
巴氏奶的灭菌温度多数在70℃-80℃（时间较长），常温奶通常是130℃-140℃（时间很短）。
加热的确会破坏牛奶中的一些营养，但是，它造成的损失并没有大家想象得那么大。对于部分热敏感的营养素来说，巴氏奶保留的会多一些，比如B族维生素。但这个差异对于整个膳食结构来说微不足道，而且奶里的主要营养素钙和蛋白质并没有明显差异。
有种说法认为，巴氏奶对“生物活性成分”保留较好，典型的是乳铁蛋白，它是有免疫效力的。不过奶里的多数活性成分经过消化道的时候就会被破坏。
乳铁蛋白对于成人的意义有限，这个蛋白是黏膜免疫的一部分，人可以自己合成和分泌，在眼泪、鼻涕等分泌物里就有。
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