鸟类的生理结构和哺乳动物相比比较落后，它们的生殖和排泄系统没有完全分开，撒尿、拉屎、下蛋需要经过同一个出口（泄殖腔）。
这导致各种致病微生物可以从鸡屁股一路逆行进入其体内，当然也包括输卵管，因此鸡蛋不仅外面可以带菌，内部也可能被污染。
除此之外，如果致病菌污染了饲料、饮水或养殖环境，也可能导致鸡的感染，进而污染鸡蛋。
鸡蛋在储存过程中，随时间推移，外部的细菌也可以侵入鸡蛋内部。
鸡蛋最常见的致病菌是沙门氏菌，此外还有空肠弯曲菌、致病性大肠杆菌、李斯特菌等，这些细菌可以导致食源性疾病。
国外曾多次出现大规模的鸡蛋污染事件，例如美国2010年鸡蛋污染沙门氏菌导致5亿枚鸡蛋召回，2018年再次出现类似事件，召回鸡蛋2亿多枚。
中国虽然没有这样的大规模召回，但中国的鸡一样屁股不干净。
比如采集自北京三个农贸市场的鲜鸡蛋，蛋壳上大肠杆菌、沙门氏菌和金黄色葡萄球菌的平均带菌率分别为80%、15%和5%。
采集自皖南山区的土鸡蛋，蛋壳表面沙门氏菌感染率为27.5%，蛋黄感染率为2.5%,蛋清感染率为5.0%。
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